Looks like they are just interpolating the location between two stations using the expected arrival times. If no expected arrival times are available, they simply simulate the location to match the planned arrival times. So this is not really "live". > VBB-Livekarte zeigt berechnete Positionen der Fahrzeuge zwischen zwei Stationen; falls kein Live-Fahrplan vorhanden, dann Position gemäß geplanten Fahrzeiten
Munich's live S-Bahn map[1] takes a slightly different approach:
Um die Position der S-Bahnen auf der Karte anzuzeigen, werden die Positionsmeldungen der Züge an ausgewählten Signalstandorten erfasst und dazwischen hochgerechnet. Es handelt sich somit derzeit um keine GPS-Ortung.
(from "So funktioniert's" on [2])
So they don't actually use GPS positioning either, but they do interpolate from data that comes from their rail signalling system, which I imagine is a bit more precise than using realtime departures and arrivals in hh:mm.
[1] http://www.vbb.de/de/article/fahrplanauskunft/vbb-livekarte/...
[2] http://s-bahn-muenchen.hafas.de/bin/540/help.exe/dn?tpl=live...
[3] http://www.s-bahn-muenchen.de/s_muenchen/view/fahrplan/echtz...